追記：Unity3.5では、以下の方法はうまくいかないようです。
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※Lion(MAC OS X 10.7)+Unity3.4で確認しました。
UnityのインストールフォルダをFinderで開き、MonoDevelopのアイコンを選択して
右クリックメニューから「パッケージの内容を表示」を選択
↓
Contents/Frameworks/Mono.framework/Versions/Current/etc/gtk-2.0/gtkrc
をエディタで開く
↓
font = “Lucida Grande 14”
の下に
font_name = “Hiragino Kaku Gothic ProN 10”
を加えて保存する。
保存してエディタを終了。
↓
MonoDevelopを起動すると、GUIが日本語になっているので
MonoDevelop→Preferences…を開く
設定：ビジュアルスタイルの中の以下の項目を日本語フォントに変更
Custom font for pads:Hiragino Kaku Gothic ProN W3 12
Custom font for Output pads:Hiragino Kaku Gothic ProN W3 12
↓
設定：テキストエディタ：一般の中の以下の項目を日本語フォントに変更
フォント：カスタム：Hiragino Kaku Gothic ProN W3 12
追記：ヒラギノだとアンダーバーが綺麗に表示されないので、OSAKAがいいかもです。
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これで、日本語表示が可能になります。
※ただ、日本語入力は出来ません。（コピペはＯＫ）
ちなみに、
＞Custom font for pads:Hiragino Kaku Gothic ProN W3 12
ここで、MonoDevelopが落ちる場合は、
アプリケーション→FontBookで、
ヒラギノ以外の日本語フォントを使用停止にすれば
回避できるかもしれません。
（自分は、回避できました。設定後戻すのを忘れずに）